Dinámica molecular


Responsables

Lic. Juan Pablo Bustamante
Lic. Victoria Gisel Dumas
Lic. Diego Gauto

Duración

8 horas 

Cupo máximo

30 personas 


Programa

Mañana – Teoría

  1. Aproximación de Born-Oppenheimer
  2. Superficie de Energía Potencial (SEP)
  3. Técnicas de muestreo
    1. MD y Montecarlo
    2. Construyendo una SEP
      1. Campo de fuerzas
  4. 4. Hacia una simulación de dinámica molecular
    1. De dónde surge?
      1. 2da ley de Newton
      2. Integrando ecuaciones de movimiento
      3. El time-step
      4. Ensambles
    2. Limitaciones
      1. Tiempos de fenómenos biológicos
      2. Costo computacional
      3. Limitaciones de la técnica

Tarde – TP teórico-práctico

  1. Introducción
  2. El pdb
  3. Archivo de topología
  4. Archivo de parámetros
  5. Preparando el sistema
    1. Solvatación
    2. Minimización
    3. Termalización
    4. Equilibración
    5. Dinámica de producción
  6. Análisis de simulaciones de dinámica molecular


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