Python/BioPython

Docentes:
Diego Javier Zea – Licenciado en Biotecnología, Estudiante de Doctorado, UNQ
Alexander Monzon – Licenciado en Bioinformática, Estudiante de Doctorado, UNQ

 

Programa:

1) Primeros pasos en Python, Métodos y funciones, Documentación: docstrings, Tipos de objetos básicos: int, float, str, list, dict, set
2) Estructuras de control: if, for, while, List comprehension
3) Construcción de pipelines, Ejecutando programas externos: subprocess, Obteniendo archivos de la web: urllib
4) Manipulación de archivos de texto, Expresiones regulares: re, Scripts con Python, Entrada por línea de comandos: argparse,
5) Testeo: doctest
Análisis de datos de manera interactiva, Tablas de datos: PANDAS, Manejando números: NumPy, Gráficos: matplotlib
6) Análisis de datos biológicos: BioPython
Obteniendo datos de Entrez, Lectura y parseo de archivos con SeqIO, Alineamientos de secuencias, MSA como matriz de NumPy, BLAST remoto, Lectura de archivos PBD, Cálculo de contactos

 

Material:
En este link tienen el repositorio de GitHub con todas las IPython Notebooks y el material necesario: https://github.com/diegozea/WorkshopPython

Los links en el programa del curso los llevan a la visualización web (no interactiva) de las Notebooks. Excepto el primero que les muestra las slides de la introducción. Si quieren tener una copia local, de manera de poder interactuar con las Notebooks, modificarlas, probar cosas (cosa que les recomiendo) pueden usar el comando git en la consola de Ubuntu/Linux:

~$ git clone https://github.com/diegozea/WorkshopPython.git
Clonar en «WorkshopPython»…
remote: Counting objects: 81, done.
remote: Total 81 (delta 0), reused 0 (delta 0)
Unpacking objects: 100% (81/81), done.
Checking connectivity… hecho.

Una vez que tienen la nueva carpeta en su computadora, pueden acceder al directorio de Notebooks (que tiene todas las Notebooks y los datos necesarios) y abrir IPython Notebook desde ahí para verlas en el explorador 😉

~$ cd WorkshopPython/
~/WorkshopPython$ cd Notebooks/
~/WorkshopPython/Notebooks$ ipython notebook

La gente de Python en Argentina es muy activa, tienen una organización llamada PyAr que cada tanto organiza diferentes eventos. De estos hay una serie de charlas grabadas en español que quizás les sean de utilidad. En la sección de Aprendiendo Python hay una serie de guías iniciales, algunas en español.

Además se recomienda este libro on-line que tiene ejercicios para aprender Python desde cero. Cada sección es corta y toca un tema usando un ejercicios para probar en consola.